基础教育治理现代化面临许多现实困境，政策的落实是教育治理现代化的重中之重。对"双减"政策的误读和误解，主要源于三点：一是对基础教育治理价值取向的偏离。只有回归到教育的初衷，我们才能走向教育强国。第二，现有的政策没有充分注意到人口趋势变化和住房价格对教育的宏观和长期发展所带来的挑战。
在教育焦虑的氛围中，家庭的平均育儿成本成倍增长，高额的教育成本和房价在中国适婚年龄的家庭面前隐约可见。第三，是文化障碍。"不要让孩子输在起跑线上"这句话对社会现实和人们的观念有着深刻的影响，而且很难在一夜之间缓解。
“双减”政策执行中的异化变相政策执行的过程也是利益较量的过程，从目前政策实行情况来看，部分学校在落实过程中出现了变相应付，忽视改革效果的情况。针对《意见》提出的“保证课后服务时间”，一些学校为了完成时间任务，忽视课后服务质量和学生实际学习需求。
而且，在网络培训教育迅速繁荣的同时，也出现了一系列症状：学生面貌下降、"小胖子"等现象，与"培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人"的目标相悖。究其原因，一方面，教育主管部门强调要加强对电子产品使用的控制和筛选；另一方面，课后教学和家庭作业对电子产品的依赖程度很高。有效解决两者之间的矛盾，让教育回归育人本质，是基础教育治理现代化的一个必要步骤。为此，《意见》明确指出，网络培训机构不得提供或传播"图片研究"等惰性思维能力、影响学生独立思考、违背教育教学规律的不良学习方式。然而，由于缺乏相应的支持性监管机制，资本在无序扩张，在线培训屡禁不止。
再加上一些职能部门不了解一线教师的"现状"，经常自上而下地施加行政压力进行控制，使教师在感情上难以接受。面对复杂的利益关系，"一刀切"的做法不仅可能是夸大其词，而且治理的实际效果也不会令人满意。"基础教育治理受到多种因素的破坏基础教育治理是一项系统工程，必然会受到多种因素的破坏，需要系统、全面的治理。就教育系统而言，基础教育治理的现代化涉及治理主体、治理对象和治理手段、政策制定等多个因素和环节。首先，主要教育治理机构的职权范围是影响教育治理水平的一个重要因素。
在基础教育治理的实践中，教育行政部门一直肩负着教育治理问题，既是教育治理的责任主体，又是教育领域风险防范和化解的主要承担者。社会矛盾发生后没有缓冲地带，不仅增加了自身负担，也降低了教育治理的效率，压缩了校办社会实体和组织的发展规划权限，压缩了其参与教育治理和提供公共服务的空间。第二，在基础教育治理的目标方面，受教育权和机会公平需要进一步提高。受教育权受到地域、家庭背景和经济状况等因素的影响，以及基础教育资源发展的不平衡，这不可避免地导致教学质量的不平等。第三，在政策和制定和实施方面，更多的时间和精力花在被动的行动上，而不是主动的预防，这有时会把治理现象推后。